连云港市疾病预防控制中心是隶属于市卫生健康委(市疾病预防控制局)的公益一类全额拨款事业单位，成立于2002年4月28日。随着卫生防疫事业的不断发展，疾控事业倍受关注和重视，2024年6月搬迁至海州区迎曙路99号，并正式启用。新大楼占地30亩，分为检验检测楼和综合楼两部分，随着新大楼的落成，全面提升了疾控机构基础设施水平，增强了应对重大疫情和突发公共卫生事件的能力。根据国家要求，2023年11月，市疾控中心和市卫生监督所整合重组，形成了“防、控、管”一体化的工作体系，市疾控事业发展迈入系统重塑全面提升充满活力的新阶段。同时保留了“健康教育所”、“结核病防治所”、“放射卫生防护所”和“皮肤病防治所”四块牌子。
中心核定编制247个，其中全额事业编制198个，参公事业编制49个。中心拥有专业技术人员156人，其中高级职称69人，中级职称54人，硕士研究生64人，本科生132人。拥有省“333”工程培养对象 2人，市“521工程”培养对象3人，享受市政府特殊津贴专家2人。
中心设有办公室、组织人事科（作风监督科）、综合业务办（信息科）、科研质管科、财务审计科、后勤保障科、急性传染病防制科、慢性传染病防制科、性病与艾滋病防制科、免疫规划科、慢性非传染病防制科、寄生虫与地方病防制科、职业与环境卫生科、放射防护科（消毒与媒介生物防制科）、营养与食品安全科（儿童青少年健康促进科）、检验科、健康教育与健康促进科、公共场所与饮用水卫生监督科、学校卫生监督科、职业与放射卫生监督科、传染病防治监督科、医疗服务监督科（中医服务监督科）、基层卫生监督科（母婴保健与计划生育监督科）、法制稽查科等24个科室。
中心主要承担传染病与慢性病防控、流调与突发公共卫生事件应急处置、健康影响因素监测和病原检测、健康教育和健康促进、卫生监督执法等五大核心职责职能，260多项公共卫生职能。
中心始终秉持“预防为主，为民服务”的方针，紧紧围绕保障人民群众健康、促进社会经济发展工作任务，以建设现代化疾控中心为目标，服务于政府公共卫生决策和公众健康需求。在历次重大传染病疫情应对和突发公共卫生事件处置中，疾控机构发挥着关键作用，是保障城市公共卫生安全的重要力量。成功实现消除或基本消除小儿麻痹、麻疹、疟疾、碘缺乏病的目标。传染病发病率连续40年控制在全省平均水平以下，建成覆盖市、县、乡三级医疗卫生机构的疾病防控工作体系。成功应对新冠肺炎、非典、禽流感、手足口病、甲流等数十起突发的传染病疫情和其他公共卫生事件。艾滋病、结核病等重大传染病防控全面完成“十三五”各项工作任务，并圆满通过省级评估，建立并完善“四级三方医防合作”的结核病综合防控工作网；建成艾滋病监测实验室网络。儿童预防接种全面实现智能化管理，数字化门诊实现100%，全省领先。成功打造3个国家级慢病示范区和6个省级慢病示范区，实现省级以上慢性病综合防控示范区全覆盖。地方病和寄生虫病都得到了有效控制。健康教育广泛深入，城乡居民的健康意识、健康素养水平显著提升。建立了完备的食品、饮用水安全监测体系，并规范运作。实验室的技术支撑能力显著提高，先后取得国家实验室认可、江苏省资质认定和食品检验机构、艾滋病初筛认可、国家级流感监测网络实验室、寄生虫参比实验室等10余项资质，出具的检测报告在全球50多个国家通行。与此同时，中心还与南京医科大学康达学院、徐州医学院、蚌埠医学院等多家医学院校建立教学关系，成为其教学、实习基地。现有2022年获评连云港市“十四五”花果山科教强医工程医学创新团队1个，青年医学人才1人。
多年来，中心先后获得“全国肿瘤登记工作贡献奖”、“全国麻防防治先进集体”、“全省抗击新冠肺炎疫情先进集体”、“江苏省工人先锋号”、“全省免疫规划（预防接种）先进集体”、“全省疾病预防控制工作先进集体”、“全省卫生系统创先争优活动先进基层党组织”、“全市卫生系统抗震救灾先进集体”、“市五一劳动奖状”等一系列荣誉称号，谱写出一曲曲动人的捍卫人民健康新乐章。与此同时，中心还与南京医科大学康达学院、徐州医学院、蚌埠医学院等多家医学院校建立教学关系，成为其教学、实习基地。现有2022年获评连云港市“十四五”花果山科教强医工程医学创新团队1个，青年医学人才1人。